渡島（おしま）半島の南東部にあたる亀田（かめだ）半島に位置し、南は津軽海峡に臨み、西には函館湾をいだく。
道南の政治、経済、文化の中心地であり、渡島支庁が置かれている。
初めウスケシ（アイヌ語で湾の端の意）とよばれていたが、1454年（享徳3）ごろ小豪族河野政通（まさみち）が函館山山麓（さんろく）に築いた館（やかた）が箱の形にみえたところから箱館（はこだて）とよばれるようになったという。
1922年（大正11）市制施行。
1939年（昭和14）湯川（ゆのかわ）町、1966年銭亀沢（ぜにかめざわ）村、1973年亀田市を編入。